制藥工程是應用生化反應或化學(xué)合成、各種分離單元操作以及藥物制劑技術(shù)，實(shí)現藥物工業(yè)化生產(chǎn)的工程技術(shù)，包括:生物制藥、化學(xué)制藥、中藥制藥。制藥工程設計包括:化學(xué)原料藥、生物藥、中成藥、藥物制劑、藥用包裝材料等項目的工藝設計，其工藝設計類(lèi)型包括:合成制藥工藝、生物制藥工藝、中成藥工藝、制劑工藝設計。
制藥工程設計的具體工作是設計一個(gè)新的制藥廠(chǎng)，包括生產(chǎn)與輔助設施，或對已有的工廠(chǎng)進(jìn)行擴建、改建。工程設計一般包括總體設計和局部設計。凡是設計范圍涉及整個(gè)工廠(chǎng)的稱(chēng)總體設計。如某抗生素廠(chǎng)的總體設計有總平面、工藝、公用工程、土建等設計以及有關(guān)可行性研究、廠(chǎng)址選擇、經(jīng)濟概算等。凡是設計的范圍不涉及整個(gè)工廠(chǎng)的全部?jì)热?，而只涉及其中的一部分的，稱(chēng)局部設計。
車(chē)間工藝設計是制藥廠(chǎng)工程設計的主導設計，藥廠(chǎng)的基本建設項目和技術(shù)改造項目都涉及車(chē)間工藝設計問(wèn)題，是一項綜合性很強的工作，是由工藝設計和非工藝設計（包括土建、設備、安裝、采暖通風(fēng)、電氣、給排水、動(dòng)力、自控、概預算、經(jīng)濟分析等）所組成。其中工藝設計是主導設計，它起著(zhù)貫穿全過(guò)程并且組織協(xié)調各專(zhuān)業(yè)設計的作用，但僅有工藝設計是不可能完成制藥廠(chǎng)全部工程設計工作的。
生物制藥生產(chǎn)車(chē)間工藝設計不僅要具備一般藥廠(chǎng)設計知識，如生產(chǎn)工藝流程設計、工藝設備布置設計、管道設計理論、制藥過(guò)程與原理、藥物制劑生產(chǎn)工藝、藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規范、化學(xué)工程、藥物分離與純化技術(shù)等，還要具有生物制藥工藝設計的專(zhuān)門(mén)知識，如發(fā)酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、細胞工程、蛋白質(zhì)工程、抗體工程和生物催化反應器等，努力做到設計上規范、技術(shù)上先進(jìn)、經(jīng)濟上合理。
作為醫藥企業(yè)從事工藝生產(chǎn)的技術(shù)人員需要了解設計程序和標準規范，并具有豐富的社會(huì )實(shí)踐和專(zhuān)業(yè)知識，才能提供必要的設計條件和設計基礎資料，協(xié)同設計單位完成符合標準規范要求并滿(mǎn)足藥品生產(chǎn)要求的設計工作。