在食品工廠(chǎng)設計中，對食品工廠(chǎng)潔凈室不僅依靠空氣過(guò)濾的方法，使送入食品工廠(chǎng)潔凈室內的空氣中的生物或非生物微粒數量受到嚴格控制，還要對室內器具、地面、墻面、壁板等表面進(jìn)行消毒處理。因此，生物潔凈室除了滿(mǎn)足一般食品工廠(chǎng)潔凈室的要求外，其內部材料還要能經(jīng)受各種滅菌劑的侵蝕。
通過(guò)亞高效或高效過(guò)濾器的空氣可視為無(wú)菌空氣，但是過(guò)濾僅是一種除菌手段，并沒(méi)有殺菌作用，由于食品工廠(chǎng)潔凈室內有人員、物料等污染源存在，因此只要有微生物所需要的營(yíng)養源存在的地方，就可能使微生物生存、繁衍。因此食品工廠(chǎng)潔凈室的設計、管理運行中決不可忽視消毒滅菌措施。
傳統的滅菌方法有紫外線(xiàn)滅菌、藥劑滅菌和加熱滅菌。這些方法已被人們熟知，其安全可靠性已被長(cháng)期的實(shí)踐確認。但這些方法也有各自的缺陷，如紫外線(xiàn)殺菌，其裝置設置和使用都較方便，但因穿透能力有限，對紫外線(xiàn)照射不到的地方，滅菌效果不好，且燈管壽命短，更換頻繁，運行費用高；化學(xué)試劑滅菌，如甲醛熏蒸法，操作麻煩，熏蒸時(shí)間長(cháng)，有二次污染物，對體有一定的危害，熏蒸后殘留物附著(zhù)在潔凈室的墻面和設備表面等，需要擦凈，有時(shí)處理不當，在滅菌后的數日內，其懸浮粒子數會(huì )有所增加；加熱滅菌包括干熱和濕熱，其缺點(diǎn)是溫度高、能耗大，有些物品如某些原材料、儀器儀表、塑料制品等則不宜采用。
近年來(lái)，臭氧滅菌在醫藥產(chǎn)品、生物藥品制造過(guò)程中得到日益廣泛的應用，臭氧是一種廣譜殺菌劑，可殺滅細菌繁體和芽孢、病毒、真菌等，可破壞內毒桿菌毒素。臭氧在水中的殺菌作用較氯快。臭氧滅菌方法現已在一些生物潔凈室用于管道和容器的消毒滅菌，通過(guò)凈化空調系統對潔凈室滅菌，物品的表面消毒和水的消毒滅菌等。
在具體的食品工廠(chǎng)潔凈室中采用哪一種滅菌方法，應根據食品工廠(chǎng)潔凈室的用途、產(chǎn)品生產(chǎn)工藝特點(diǎn)和采用的生產(chǎn)設備的實(shí)際情況確定。
臭氧（O3）是氧的同類(lèi)異形體。臭氧是一種強氧化劑，它的滅菌過(guò)程屬于生物化學(xué)氧化反應，氧化分解細菌內部氧化葡萄糖所必須的葡萄糖氧化酶；可直接與細菌、病毒發(fā)生作用，破壞其細胞、核糖核酸等。臭氧屬于溶菌類(lèi)的滅菌劑，當空氣中含有一定濃度臭氧（2～15）×10-6］，對細菌、病毒等微生物內部結構有極強的氧化破壞性，可達到殺滅細菌繁殖體、芽孢、甲乙型肝炎病毒、真菌和原蟲(chóng)胞囊等各種細菌，還可破壞內毒桿菌的毒素及立克次氏體等。臭氧具有很強的除霉、腥、臭，防霉、防蟲(chóng)蛀等作用。
臭氧滅菌法與紫外線(xiàn)法、化學(xué)熏蒸法等相比，具有操作使用方便，不像甲醛熏蒸法費工費時(shí)，也沒(méi)有二次污染的清洗問(wèn)題；不像紫外線(xiàn)照射法可能出現的死角，臭氧的擴散作用可使任何角落都得到消毒滅菌。目前臭氧滅菌法已在國內200多家醫藥工廠(chǎng)使用，主要用于潔凈室消毒滅菌和凈化空調系統，對純水及注射水消毒滅菌等，已有20多家通過(guò)GMP認證。醫藥工廠(chǎng)潔凈室的臭氧滅菌一般是在凈化空調系統等適當位置安裝臭氧發(fā)生器，消毒滅菌時(shí)關(guān)閉新風(fēng)進(jìn)口和回風(fēng)對外排放風(fēng)閥，使裝置外形整個(gè)被消毒滅菌的潔凈室空氣通過(guò)風(fēng)管形成循環(huán)狀態(tài)，每天開(kāi)機做空氣滅菌1～1.5h。