醫藥廠(chǎng)房初步設計是以大量的圖、表和必要的文字說(shuō)明完成的，一般應包括以下內容。
一、總論概述工程項目的設計依據、醫藥廠(chǎng)房設計規模、醫藥廠(chǎng)房設計原則、建設地點(diǎn)、產(chǎn)品方案、生產(chǎn)方法、醫藥廠(chǎng)房車(chē)間組成、原材料來(lái)源、產(chǎn)品銷(xiāo)售、主要技術(shù)經(jīng)濟指標、存在的問(wèn)題及解決的辦法等。
二、總平面布置及運輸確定總平面布置原則，并以此原則對醫藥廠(chǎng)房區域進(jìn)行劃分，繪制全廠(chǎng)的總平面布置圖。在運輸方面，主要是確定醫藥廠(chǎng)房內外的運輸方案以及存在的問(wèn)題和解決辦法。
三、制藥工藝設計根據全廠(chǎng)的總生產(chǎn)流程和總平面布置圖，按車(chē)間（如原料藥車(chē)間、制劑車(chē)間、機修車(chē)間等）或產(chǎn)品品種分別進(jìn)行車(chē)間、產(chǎn)品品種的工藝設計，其中主要包括工藝流程設計、物料衡算、能量衡算、定型設備的選型、非標設備的設計、設備的布置、管道的計算與布置等。
四、土建工程設計根據醫藥廠(chǎng)房廠(chǎng)址位置的地形、地質(zhì)等條件以及施工建材等客觀(guān)因素，確定滿(mǎn)足生產(chǎn)工藝要求的車(chē)間、輔助車(chē)間的建筑物的結構以及防震抗震設計和其他特殊工程設計等，并對存在的問(wèn)題提出建議。
五、給排水及污水處理工程設計確定生產(chǎn)、生活、環(huán)保、消防用水的水量、水質(zhì)和水壓要求，說(shuō)明水源、取水方案、輸水方式和水質(zhì)處理方法，確定全廠(chǎng)的排水量、污水性質(zhì)及污水處理方案，確定循環(huán)用水方案以及給排水設備的設計與選型等。
六、采暖通風(fēng)及空調系統工程設計確定采暖通風(fēng)及空調系統的設計參數、設計指標和設備選型。制藥車(chē)間內的通風(fēng)應符合國家安全和衛生標準的規定。有潔凈度要求的車(chē)間、工段或工序，其凈化空調系統應保證相應的溫度、濕度和潔凈度要求。
七、動(dòng)力工程設計確定供冷、供熱、供汽和供氣系統的設計參數、設計指標和設備選型。
八、電氣與照明工程設計包括輸變電、照明等系統的設計。電氣設計應根據制藥車(chē)間的防火防爆等級選用相應的防爆產(chǎn)品。潔凈車(chē)間的電氣和照明設計還應符合醫藥潔凈廠(chǎng)房的要求。
九、儀表及自動(dòng)控制工程設計確定儀表的選型和自動(dòng)控制方案，有條件的應采用計算機數字化控制方案，以實(shí)現操作過(guò)程的自動(dòng)化、程序化、數字化和智能化。
十、安全衛生和環(huán)境保護工程設計設計過(guò)程中，凡涉及藥廠(chǎng)安全的，尤其是防火防爆問(wèn)題，必須嚴格按照有關(guān)的規范和法規進(jìn)行處理。勞動(dòng)者的健康和安全、各種消防設施、安全通道和防火墻等，都是醫藥廠(chǎng)房設計者必須考慮的重要問(wèn)題。
新建、改建或擴建制藥工程項目都必須遵守國家的環(huán)境保護法規，切實(shí)執行環(huán)境評價(jià)報告制度和“三同時(shí)（環(huán)保設施與主體工程同時(shí)設計、同時(shí)施工、同時(shí)投產(chǎn)）”制度，對噪聲的防治及污染物的處理和綜合利用要有明確的設計方案。
十一、工程概算完成工程項目的總概算及各工序的單項概算，并編制總概算說(shuō)明書(shū)。
十二、有關(guān)附件包括各種表格（如設備一覽表、材料估算表等和圖紙（如全廠(chǎng)總平面布置圖、物料流程圖、初步設計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖、主要設備裝配圖、車(chē)間設備的平面布置圖和立面布置圖等）。