潔凈手術室，特別是高級別的潔凈手術室對于室內裝飾有特殊的要求，使其在滿足功能要求的前提下，減少因材料和構造而產生或積聚的塵菌，這對預防污染、降低術后感染率是至關重要的。
一、潔凈手術室地面裝修
由于地面的污染度比墻和吊頂要高得多，大量塵粒由于醫護人員在地板上的走動和各種設備的移動而產生，故地面裝修應引起設計人員的重視。地面裝修應做到平整、光滑、耐磨、耐侵蝕（酸、堿、藥）、易清潔。國內常采用現澆水磨石，取其光滑、耐磨、不起塵、防靜電、易清洗之長，但不宜采用過氧乙酸稀釋液洗消，否則會與堿性的水泥起反應導致麻面。另外，建議水泥采用強度等級425或以上，石子粒徑d=6～15mm，以防止開裂、掉石子及起砂。在我校設計的浙江省樂清市人民醫院潔凈手術室中，就采用了防靜電水磨石地面。瓷磚、馬賽克（陶瓷錦磚）等接縫較明顯的材料在某些低級別的潔凈手術室中也有應用，但一般不推薦。
較高檔的地面裝修可選用橡膠、聚胺脂涂料、樹脂類板材等，如在歐美、日本的許多醫療手術環境中，都采用了彈性塑膠卷材作地面材料。它最顯著的優點，就是少接縫（通常采用熱熔焊接進行卷材間的連接，焊條由與卷材相同的塑膠材料制成），可避免污物及細菌的堆積，另外，它還具有耐污易潔、腳感舒適、花紋款式多樣、安裝及更換簡便等水磨石無法比擬的優點。上海華山醫院、上海東方醫院的潔凈手術室選用了塑膠卷材地面。
在垂直層手術室，如采用地面或地溝回風，回風部位面板應選用塊狀活動隔柵地板。
地面不宜設地漏，否則應設高水封地漏，以防透氣污染潔凈室內空氣。
二、潔凈手術室墻面裝修
現在新建的潔凈手術室，墻體一般都采用輕鋼龍骨隔墻構造，方便手術室所用的各種管線及墻上固定設備的暗裝。面層裝修則要求采用硬度較大、整體性好、拼縫少、縫隙嚴密的材料，常用的有不銹鋼板、鋁合金平板（均應作成亞光面）或其他復合型板材，背面可根據需要加貼提高抗撞擊性及保溫、隔熱性能的背板。面板拼縫處采用密封膠或專用填料填充，并結合送、回風口及觀察窗、墻上固定式器械柜、藥品柜等，將墻面組合成整體，盡量減少凹凸面和縫隙。
墻面一般要求垂直地面，但也有專家建議，墻面可做成內傾3°，不僅可以減少積塵，并且可使光線反射的角度有利于醫護人員的操作。
另外，在我國許多中小醫院低級別潔凈手術室的新建或改建工程中，可因地制宜，采用砌筑墻，面層裝修選用瓷磚到頂方法，但宜使用直角形瓷磚，避免通常瓷磚小圓角拼縫處易積灰的不足；還可采用不易剝落、防霉的各種高檔涂料。
如果要做踢腳板或墻裙，在構造上應使其表面縮到墻表面之后，至少也應與墻取平。
三、潔凈手術室吊頂裝修
頂棚底面需布置與安裝高效過濾器送風口、照明燈具、煙感滅火器等，各種管線均需隱蔽在頂棚內，故頂棚部分是潔凈手術室內部裝修的重點部位。頂棚以輕鋼龍骨及大塊面板材料做吊頂為宜（作墻面用的板材基本上都可作為吊頂罩面板，具體見前述）。吊頂上風管等振動影響較多，故控制振動脫落比控制材料表面硬度更重要。吊頂罩面材料宜采用密封膠灌縫或壓條密封，使之形成整體，防止吊頂上部空間的灰塵通過縫隙污染潔凈手術室的氣流。
另外還有一種硬吊頂的做法，即直接在鋼筋混凝土樓板底面按潔凈度要求進行裝修，較適合在層高較低的手術室建造工程中應用。如解放軍301醫院潔凈手術室，采用硬頂做法，鋼筋混凝土頂板下用硬
塑料板貼面處理（在現澆鋼筋混凝土樓板時，作為模板一次打入板底）。硬頂做法的特點是強度高，上人和安裝檢修均方便，但自重大，送風口和燈具在安裝時需打孔，施工較復雜，并且不易變更。
潔凈手術室的墻面與平頂、墻面與地面及不同的墻面與墻面相交處的陰（陽）角，宜做成小圓角構造（R≥50mm），以避免積塵，方便清掃。也有許多潔凈手術室把墻面與平頂、墻面與墻面相交處用斜板方式連接，更有利于減少積塵，消除氣流渦流區。
四、門窗
以前，一般認為室外塵菌可能通過窗的縫隙潛入手術室內，而且手術室又不依賴天然采用，故在潔凈手術室設計中一般不設窗戶。但近年心理學研究表明，在無窗的潔凈手術室中，醫護人員及病患者因與外界完全隔絕，都容易產生抑郁、“被監禁”等不良感覺，不利于手術順利進行（尤其是時間較長的大型手術）。因而筆者認為，潔凈手術室可根據實際情況，適當設置窗戶，改善手術室內的環境氣氛，同時利于室外醫護人員及時了解手術情況，不必入內即可與室內人員進行溝通。窗戶宜選用防塵密閉性能好的雙層窗，窗應與內墻表面平。
手術室門位設置與氣流流向和手術床有很大關系，在水平層流手術室，門位設在下風向，在其他手術室，門設在病人腳的方向，可以防止進出人流對病人的影響。為避免因門扇的開、關而影響氣流的組織，潔凈手術室各門均宜采用自動感應式或腳觸開關式電動推拉門；同時，各門應具有延時裝置，避免術中人員頻繁出入而出現“開著門做手術”的現象。
五、潔凈手術室的色調處理
各類手術室的色調處理以綠色系為最理想，因綠色與血液的紅色互為補色，能減輕醫護人員的用眼疲勞，并有促進病者心理平靜的作用。另外，應注意墻壁上的附屬裝嵌部件與墻板顏色的協調。地板顏色應避免與墻面雷同，可有所變化，起到區分界面，豐富室內色彩的作用。