生物制藥工廠(chǎng)設計是指工藝工程師在一定工程目標的指導下，根據對擬建工程的要求，采用科學(xué)方法統籌規劃，制定方案，對生物制藥工廠(chǎng)進(jìn)行擴建與技術(shù)改造時(shí)，從事的一種創(chuàng )造性工作。生物制藥工廠(chǎng)設計，不僅要具有一般制藥工廠(chǎng)工藝設計知識，如生產(chǎn)工藝流程設計、工藝設備布置設計、管道設計以及制藥過(guò)程原理和設備、藥物制劑生產(chǎn)工藝、藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規范、化學(xué)工程、藥物分離與純化技術(shù)等，而且還要具有生物制藥工廠(chǎng)工藝設計的專(zhuān)門(mén)知識，如發(fā)酵工程、生化工程、基因工程、酶工程、細胞工程、蛋白質(zhì)工程、抗體工程和生物催化反應器等。生物制藥工廠(chǎng)工藝設計除了在確定工藝流程、設備選型、車(chē)間設備布置和管線(xiàn)安裝時(shí)必須遵循相關(guān)國家規范、規定和標準外，還必須嚴格執行《藥品生產(chǎn)質(zhì)量管理規范》（簡(jiǎn)稱(chēng)GMP）有關(guān)廠(chǎng)房與設施、設備、物料、衛生、生產(chǎn)管理、質(zhì)量管理、驗證等方面的規定，努力做到技術(shù)上先進(jìn)，經(jīng)濟上合理。
生物制藥工廠(chǎng)設計是生物制藥工廠(chǎng)工程設計的主導設計，工藝專(zhuān)業(yè)是主體（導）專(zhuān)業(yè)，它起著(zhù)貫穿全過(guò)程并且組織協(xié)調各專(zhuān)業(yè)設計的作用，但僅有生物制藥工藝設計是不可能完成生物制藥工廠(chǎng)全部工程設計工作的。也就是說(shuō)，除了工藝設備及工藝管道外，還包括（房屋）建筑、給排水、采暖通風(fēng)、供熱、供電（照明、動(dòng)力）、供汽（氣）、弱電、火災報警、自控儀表、工程經(jīng)濟、總圖運輸、外管等，這些項目都屬于非工藝設計項目，這些非工藝設計專(zhuān)業(yè)根據工藝專(zhuān)業(yè)提出的要求進(jìn)行設計。因此，無(wú)論是生物制藥工廠(chǎng)總體設計，還是車(chē)間設計，都是由工藝設計和非工藝設計組成的。
生物制藥工廠(chǎng)設計的具體對象是設計一個(gè)新的生物制藥工廠(chǎng)，包括生產(chǎn)與輔助車(chē)間及設施，或對已有的工廠(chǎng)進(jìn)行擴建、改建。生物制藥工廠(chǎng)工程設計一般包括總（整）體設計和局部設計。凡是設計范圍涉及整個(gè)工廠(chǎng)的，稱(chēng)總體設計。如某抗生素廠(chǎng)的總體設計有總平面、工藝、供排水、供電、供汽（氣）、暖通、土建等設計以及有關(guān)廠(chǎng)址選擇、生產(chǎn)檢測與控制儀表、環(huán)境保護、生產(chǎn)組織與勞動(dòng)定員、技術(shù)經(jīng)濟與概算等內容?？傮w設計的范圍包括了工廠(chǎng)內應該配置的一切單項工程與完整設計，一般包括總平面布置和廠(chǎng)內外運輸、生產(chǎn)車(chē)間、動(dòng)力設施（鍋爐房、冷凍站、變電站、水泵房等）、輔助生產(chǎn)設施車(chē)間（倉庫、動(dòng)物房、質(zhì)檢、制水站、污水處理站）、辦公樓等單項工程設計。凡是設計的范圍不涉及整個(gè)工廠(chǎng)的全部?jì)热?，而只是其中的某些部分或某一部分，稱(chēng)局部設計。新建廠(chǎng)的設計一般屬于總體設設計。擴建廠(chǎng)、改建廠(chǎng)的設計一般屬于局部設計。