對于潔凈室的清潔、消毒工作也是對潔凈室微生物環(huán)境控制的主要手段。所以需要建立整套完整的清潔、消毒方案，而在建立總的方案之前，必須選擇好合適的消毒劑。對化學(xué)消毒劑的選擇必須建立在充分的理由基礎之上，這要求除了進(jìn)行實(shí)驗室試驗研究之外還要進(jìn)行包括在位模擬現場(chǎng)在內的試驗。雖然消毒劑的選擇對環(huán)境控制方案的成功與否非常重要，但是所采用的技術(shù)和使用頻率對消毒劑的功效也有很大的影響，所以應該將影響環(huán)境控制方案的所有因素視為一個(gè)整體。
（1）使用工具
①無(wú)絨抹布或海綿。用于擦拭實(shí)驗臺、墻壁以及其它硬表面，這需要由聚酯材料或其它合適的有吸附能力的抗各種化學(xué)試劑的材料制成。在有些情況下使用浸濕的抹布（例如經(jīng)酒精浸濕過(guò)的抹布）較為合適。
②無(wú)絨、只產(chǎn)生較少量顆粒的普通拖把或海綿拖把。用于清潔地板和墻壁。由聚酯材料或其它合適的有吸附能力的抗各種化學(xué)試劑的材料制成。在不使用時(shí)應將拖把豎直放置。
③各種容器。要求耐高壓蒸汽而且制作精良。
（2）使用要點(diǎn)
所有的清潔操作都應該由最干凈的地方向最臟的地方推進(jìn)。高效空氣過(guò)濾器的方向（豎直或水平）決定了潔凈操作的流程。例如一個(gè)縱向的潔凈室，應該嚴格按照從天花板向地板，然后再向外推進(jìn)的方式進(jìn)行清潔、消毒。
在進(jìn)行清潔操作時(shí)應該采用雙桶法以保持消毒清洗液的完整性，使用該方法還可以使表面污物的再沉淀降至最少。雙桶法可以是兩個(gè)桶都裝消毒液，也可以是一個(gè)桶裝消毒液而另外一個(gè)桶裝處理過(guò)的工藝用水。雙桶法的原理是只用一個(gè)桶清洗拖把和抹布以保持另一個(gè)桶內清洗液的完整性。第一個(gè)桶內的消毒液只用作將拖把再次濕潤以便進(jìn)行下一步的清洗操作。
為了使消毒劑清潔工的工作效率更高、更安全、符合要求，所有的標簽應該注明其安全性、使用方法和廢棄處理方法。
（3）消毒劑的輪換使用方法
經(jīng)驗表明，隨著(zhù)消毒劑使用時(shí)間的延長(cháng)，微生物會(huì )對該消毒劑產(chǎn)生抗性，這對于經(jīng)常使用消毒劑的環(huán)境（例如潔凈室）尤其明顯。經(jīng)驗還表明，輪流使用酚類(lèi)消毒劑會(huì )減少微生物抗性的積累。有關(guān)堿性和酸性酚消毒劑的使用有兩項研究，研究的結論支持人們普遍認可的經(jīng)驗——在消毒操作中輪換使用化學(xué)性質(zhì)相容的消毒劑，對防止微生物抗性的產(chǎn)生是必需的，即使是受生物膜保護的微生物也是如此。
當確定在某一環(huán)境控制計劃所使用消毒劑時(shí)，應該根據消毒劑之間的相容性建立一個(gè)輪換使用的時(shí)間表。使用化學(xué)性質(zhì)上不相溶性的消毒劑可導致不溶性殘渣的產(chǎn)生，這些殘渣會(huì )在硬表面上形成一層黏膜或覆膜。使用化學(xué)性質(zhì)上不相溶性的消毒劑甚至會(huì )導致消毒劑本身失活。例如，氯化季銨不能和酚類(lèi)消毒劑輪換使用，除非在輪換消毒之前增加徹底的清潔和水洗步驟，這主要是因為這兩種成分的化學(xué)性質(zhì)不相容性。氯化季銨在自然條件下是帶有正電荷，酚化物在自然條件下帶有負電荷，由于離子電荷性質(zhì)不同，二者相遇會(huì )形成不能溶解的殘渣。
消毒劑的交替輪流頻率的確定涉及方便性及環(huán)境監測的結果。許多設施每月輪換一次效果很好，而有些每周輪換一次能更好地滿(mǎn)足需要。在所附標簽上列出選擇產(chǎn)品的一般建議、應用的設備和在幾種類(lèi)型受控環(huán)境中使用的頻率。這些建議僅僅是在共同實(shí)踐的基礎上得出的指導方針，并不意味著(zhù)代替現有的有效方案。每一個(gè)設備都應設計和實(shí)施一個(gè)保持自己潔凈室和其它受控環(huán)境整體性的有效方案。