對于潔凈室的清潔、消毒工作也是對潔凈室微生物環(huán)境控制的主要手段。所以需要建立整套完整的清潔、消毒方案，而在建立總的方案之前，必須選擇好合適的消毒劑。對化學消毒劑的選擇必須建立在充分的理由基礎之上，這要求除了進行實驗室試驗研究之外還要進行包括在位模擬現(xiàn)場在內的試驗。雖然消毒劑的選擇對環(huán)境控制方案的成功與否非常重要，但是所采用的技術和使用頻率對消毒劑的功效也有很大的影響，所以應該將影響環(huán)境控制方案的所有因素視為一個整體。
（1）使用工具
①無絨抹布或海綿。用于擦拭實驗臺、墻壁以及其它硬表面，這需要由聚酯材料或其它合適的有吸附能力的抗各種化學試劑的材料制成。在有些情況下使用浸濕的抹布（例如經酒精浸濕過的抹布）較為合適。
②無絨、只產生較少量顆粒的普通拖把或海綿拖把。用于清潔地板和墻壁。由聚酯材料或其它合適的有吸附能力的抗各種化學試劑的材料制成。在不使用時應將拖把豎直放置。
③各種容器。要求耐高壓蒸汽而且制作精良。
（2）使用要點
所有的清潔操作都應該由最干凈的地方向最臟的地方推進。高效空氣過濾器的方向（豎直或水平）決定了潔凈操作的流程。例如一個縱向的潔凈室，應該嚴格按照從天花板向地板，然后再向外推進的方式進行清潔、消毒。
在進行清潔操作時應該采用雙桶法以保持消毒清洗液的完整性，使用該方法還可以使表面污物的再沉淀降至最少。雙桶法可以是兩個桶都裝消毒液，也可以是一個桶裝消毒液而另外一個桶裝處理過的工藝用水。雙桶法的原理是只用一個桶清洗拖把和抹布以保持另一個桶內清洗液的完整性。第一個桶內的消毒液只用作將拖把再次濕潤以便進行下一步的清洗操作。
為了使消毒劑清潔工的工作效率更高、更安全、符合要求，所有的標簽應該注明其安全性、使用方法和廢棄處理方法。
（3）消毒劑的輪換使用方法
經驗表明，隨著消毒劑使用時間的延長，微生物會對該消毒劑產生抗性，這對于經常使用消毒劑的環(huán)境（例如潔凈室）尤其明顯。經驗還表明，輪流使用酚類消毒劑會減少微生物抗性的積累。有關堿性和酸性酚消毒劑的使用有兩項研究，研究的結論支持人們普遍認可的經驗——在消毒操作中輪換使用化學性質相容的消毒劑，對防止微生物抗性的產生是必需的，即使是受生物膜保護的微生物也是如此。
當確定在某一環(huán)境控制計劃所使用消毒劑時，應該根據(jù)消毒劑之間的相容性建立一個輪換使用的時間表。使用化學性質上不相溶性的消毒劑可導致不溶性殘渣的產生，這些殘渣會在硬表面上形成一層黏膜或覆膜。使用化學性質上不相溶性的消毒劑甚至會導致消毒劑本身失活。例如，氯化季銨不能和酚類消毒劑輪換使用，除非在輪換消毒之前增加徹底的清潔和水洗步驟，這主要是因為這兩種成分的化學性質不相容性。氯化季銨在自然條件下是帶有正電荷，酚化物在自然條件下帶有負電荷，由于離子電荷性質不同，二者相遇會形成不能溶解的殘渣。
消毒劑的交替輪流頻率的確定涉及方便性及環(huán)境監(jiān)測的結果。許多設施每月輪換一次效果很好，而有些每周輪換一次能更好地滿足需要。在所附標簽上列出選擇產品的一般建議、應用的設備和在幾種類型受控環(huán)境中使用的頻率。這些建議僅僅是在共同實踐的基礎上得出的指導方針，并不意味著代替現(xiàn)有的有效方案。每一個設備都應設計和實施一個保持自己潔凈室和其它受控環(huán)境整體性的有效方案。