設施很少是微生物固有的來(lái)源。設施設計缺陷、結構材料不良以及不正確的操作能夠對污染水平造成明顯的影響，設備和其它來(lái)源一起構成污染來(lái)源，下面成都凈化工程公司就談下潔凈室污染源知識之來(lái)源于設施的污染。
生產(chǎn)醫藥制劑的新設備可以設計成把內部微生物污染來(lái)源降到最低水平，從而達到衛生級別。設計新設備時(shí)還需考慮許多其它因素，因此，優(yōu)先可以考慮這些因素可以避免不必要的改造，從而確保實(shí)際的產(chǎn)出?，F有設備可能存在一些微生物控制缺陷，是之前通過(guò)設計所沒(méi)有表現出來(lái)的。這些設備的微生物控制通常是很難解決的。
不幸的是，也是事實(shí)，一些設備很難清洗，微生物會(huì )在污物容易聚集的地方生存并繁殖。在設計的時(shí)候，視覺(jué)效果是設備潔凈度的一個(gè)主要關(guān)注點(diǎn)，所以墻壁、地面以及屋頂應該是光亮、光滑、潔凈的表面，地面與墻壁的連接應該是凹圓形，管道應當被包裝起來(lái)、櫥柜及儲存區域應當減少，排水應當控制好。
設備相關(guān)的微生物污染可能來(lái)源于清洗物質(zhì)（水）、排水（污水）、公用設施（冷卻水、壓縮空氣）。多數都與水相關(guān)的，表明水是一個(gè)非常重要的污染來(lái)源。
清洗工藝主要是為了改善清洗對象的潔凈度。有時(shí)候它的效果不好。許多藥品生產(chǎn)的清洗工藝為避免交叉污染在化學(xué)潔凈度上作了驗證。很有可能為了滿(mǎn)足化學(xué)潔凈，導致微生物潔凈度不達標，也有可能獲得化學(xué)潔凈的設備和材料（例如水）其微生物潔凈情況比原來(lái)差。這并不意味著(zhù)在微生物清洗驗證上有更大的壓力，也許只需要把清洗設備和物料的微生物驗證當作重點(diǎn)便可解決。
清洗產(chǎn)生微生物污染的主要來(lái)源是水。水是最常見(jiàn)的清洗劑。用于清洗藥劑生產(chǎn)設備的清洗水必須是微生物情況很好的。需要進(jìn)行微生物控制的清洗水的潔凈度取決于用于哪里、用在什么產(chǎn)品以及所聯(lián)合使用的設備與所使用的量。飲用水（一般微生物標準是小于500CFU/ml）足夠清洗無(wú)非菌區域設施的墻壁和地面。在有些區域，市政供應可能很容易滿(mǎn)足這些標準，但在另一些區域，通常會(huì )用二次氯氣消毒來(lái)保證達到要求。應當謹慎選擇墻面和地面的清洗劑及消毒劑。有時(shí)，人員可能會(huì )對什么是清洗劑，什么是消毒劑，以及什么是清洗消毒一體劑有此困惑。曾經(jīng)有一個(gè)被假單胞菌污染的廠(chǎng)房，每天用認為含消毒效果的清洗劑拖洗地面，并進(jìn)行跟蹤，發(fā)現并沒(méi)有消毒效果。
相比墻面、地面，物料接觸設備以及物料接觸包裝部件需要更關(guān)注微生物控制。溶液的殘留很容易清除。殘留的懸浮液（洗液及口服乳化劑）、糖漿及半固體的乳劑、油膏、膠體都難以清洗。在第一種情況，產(chǎn)品殘留必須清除以符合總的化學(xué)潔凈標準以及清除助長(cháng)微生物生長(cháng)的物料（如糖）。熱水將是第一選擇，但殘留包括表面活性劑或者清洗劑時(shí)例外。表面活性劑的殘留可能不會(huì )留在設備上，因此最終漂洗必須符合純化水（USP或者）的要求。應用于純水的微生物限值通常在小于100CF/ml的區域。
在制藥生產(chǎn)設施中污染最嚴重的水在排水處，它也是革蘭陰性菌的主要滋生地。這些污染可能會(huì )轉移到其它區域，如果排水溝有回流，則會(huì )轉移到在排水溝附近工作的人員（如清洗彎道人員）的腳和潔凈服上。排水管的定位應該盡可能縮小，并且設施設計應確保排水能夠用預計流量的水處理。不用的排水管應當加蓋。
冷卻水通常是微生物質(zhì)量極差的（避免氯化過(guò)程，以減少水的腐蝕風(fēng)險）為了熱交換或者夾套中不會(huì )有針孔或者大的泄露，需要格外小心。有時(shí)，微生物質(zhì)量差的水用來(lái)冷卻攪拌器密封壓蓋；同樣，需要保證型圈及其它密封是正確應用而且是完整的，有些不合格的糖漿被駁回，就是因在生產(chǎn)罐的柱塞式水冷密封壓蓋上的密封圈上出現假單胞菌污染。
壓縮空氣在無(wú)菌設施里是潛在的、重要的微生物污染來(lái)源。這是因為空氣泄露，不像水泄露那樣馬上就能觀(guān)察到。在非無(wú)菌生產(chǎn)區域，氣體就不是那么主要的污染來(lái)源；盡管如此，它們也可能導致污染，通常是來(lái)自革蘭陽(yáng)性菌耐干燥種屬。