凈化空調系統的空調箱內壁材料應不易產(chǎn)生灰塵并耐腐蝕，生物凈化空調系統所用的空調箱內壁要可以消毒。
凈化空調系統空調箱功能段數要多于普通空調系統，而且維護保養的要求也比較高，例如初、中效過(guò)濾器要經(jīng)常更換，空調箱內壁要清潔、消毒，所以空調箱的長(cháng)度也比普通空調系統的空調箱長(cháng)。為了節省空調機房的面積，在滿(mǎn)足使用功能的前提下，應盡可能使結構緊湊。
凈化空調系統中化學(xué)過(guò)濾器應根據生產(chǎn)過(guò)程中所產(chǎn)生廢氣的性質(zhì)和廢氣的量來(lái)確定化學(xué)過(guò)濾的種類(lèi)，防止潔凈空氣循環(huán)次數多而使廢氣的濃度越來(lái)越高。潔凈空調箱在新風(fēng)入口段是否要設置化學(xué)過(guò)濾器，要根據工程所在地的大氣環(huán)境來(lái)決定。如電子廠(chǎng)房設置在海邊，海水蒸發(fā)會(huì )使空氣中的氯、鈉離子數量增加。若不作處理，離子進(jìn)入潔凈室會(huì )對產(chǎn)品造成影響，就應該在新風(fēng)入口處設置化學(xué)過(guò)濾器。
凈化空調系統選用空調箱風(fēng)機時(shí)要考慮到凈化空調系統的風(fēng)阻力比一般空調系統要大，因為有初、中、高效三級過(guò)濾而且阻力變化也很大。初、中、高效三級過(guò)濾器從初阻力一直到終阻力的阻力疊加數值占整個(gè)凈化空調系統總阻力的比例很大，因此空調箱應該選用變頻風(fēng)機，這里選用變頻風(fēng)機不是為了改變潔凈系統的送風(fēng)量，而是為了適應初、中、高效過(guò)濾器的阻力變化。全新風(fēng)凈化空調系統中，若因工藝發(fā)生變化造成排風(fēng)量的變化，為了保持室內的正壓值不變，可以通過(guò)送風(fēng)機的變頻來(lái)相應改變送風(fēng)量。
空調箱表冷器進(jìn)出水水溫的確定取決于凈化空調系統的送風(fēng)狀態(tài)的溫濕度參數。由于生產(chǎn)工藝對室內溫濕度的要求不同，再加上凈化空調系統的送風(fēng)量往往不是由負荷大小來(lái)決定而是根據潔凈度級別來(lái)決定的，送風(fēng)量大送風(fēng)溫差就小，潔凈室內的溫度基數低送風(fēng)溫度就低。根據一般經(jīng)驗，表冷器的進(jìn)水溫度要比送風(fēng)狀態(tài)溫度低3～6℃，表冷器的出水溫度要比送風(fēng)狀態(tài)溫度低0.5～1℃，這完全取決于潔凈室內的設計溫度基數和冷媒水進(jìn)表冷器的溫度（一般就是6～7℃）以及表冷器性能的各個(gè)參數，如接觸系數、表冷器的排數、析濕系數、傳熱系數、水流速、換熱效率系數等。