一、藥廠設計之緊急應變措施
①活性有機體溢出 溢出的活性有機體可能是液態也可能是氣溶膠形式，可在一定的限制范圍，也可在沒有限制的敞開范圍。這類溢出只允許由充分熟悉該類有機體潛在危害特性的工作人員進行現場處理，防護措施如下。
對于生物安全工作臺內限制性溢出，可由工作人員穿戴橡皮手套、防護眼鏡和工作服，針對有機體的特性，選用適當的化學消毒劑對工作臺面進行清理。對敞開設施內非限制性溢出，應當在走道附近設置專門備用的手推車，存放一次性工作服，可滅菌的鉗子、橡皮掃帚、簸箕、清潔袋與一次性揩布、吸水墊等清潔用具，以及乳膠手套、防護眼鏡、可滅菌的長統靴、帶有HEPA過濾器的呼吸面罩等防護用品，5％次氯酸鈉溶液之類的消毒劑等。對于重組有機體的大規模溢出，通常在藥廠設計階段針對發酵罐的溢出采取相應措施，例如可以在發酵罐底座下部加設足夠容量的混凝土防護欄或排水溝，以盛放整罐的發酵液，如果發生大量溢出事故，可以就地收集全部泄出的重組有機體，當場予以滅活；也可以設置一定容積的蓄水池收集溢出的料液，然后泵送到另一臺發酵罐進行蒸汽滅菌，最后經過檢測，確認有機體已經全部失活才能排放。
②公用系統事故 在生物安全工作臺運轉過程中遇到停電等突發情況，則必須停止有關生物制劑的操作，將所有培養物妥善封閉后，再用適當的消毒劑清除污染。若遇到其他包括通風系統在內的設備故障，也應采取類似措施。
二、藥廠設計之“三廢”處理
對于藥廠設計來說，廢液可以采取物理、化學和生物三種處理方法。物理方法主要有加熱滅活、輻射和活性炭吸附。化學方法可以選擇氯、臭氧等的化學消毒或降解技術，化學消毒劑的選擇應以滅活對象的性質、數量、規模、設備條件、操作費用、殘余量以及最終的處理或排放要求等因素為依據。生物處理的方法有:活性污泥處理法，可以去除廢水中的細菌、病毒；滴濾池及生物轉盤法，去除廢水中各種病原體的效果差異較大，與廢水中的病原體含量有一定關系，對大腸桿菌、糞鏈球菌也具有較好的去除效果。
在藥廠設計中，對于廢渣的處理可以采取如下方法:①蒸汽滅菌法，適合于污染的衣物、器械、容器、工具；②化學品處理法，環氧乙烷氣體可用于衣物、外科器械以及不耐熱的器件、儀器或精密器材等的滅菌，對于玻璃器皿、耐蝕器件的處理，可用2％堿性戊二醛、5％過氯乙酸、3％甲酚皂液之類的消毒劑進行浸泡；③輻射滅菌法，適用于受污染的精密器械、塑料制品、玻璃器材的滅菌；④對于一次性使用的可燃性的傳染性廢料、病原體培養物、含有細胞毒性的發酵液濾液、實驗動物尸體等均可進行焚燒處理。
在藥廠設計中，對于廢氣的處理方法有加熱滅菌、絕對過濾和高效空氣過濾。①加熱滅菌法，對于小型的病原體培養系統排氣，采用此法較多，也適合于實驗動物飼養箱排氣的滅菌設備。②絕對過濾法，采用微孔濾膜制成的絕對過濾器，安裝于排氣的管道系統，對于顆粒大小為0.2m以上的細菌粒子具有100％的過濾效率。③高效空氣過濾法，實驗室、生物制藥工廠的各種排風所攜帶的病原體氣溶膠，可采用高效空氣過濾器進行凈化，再循環使用或排放大氣，該過濾器對于含有細菌與病毒的氣溶膠，截留效率可達99.999％以上。