我們都知道將潔凈室按控制對象來分，可以分為工業潔凈室和生物潔凈室，那么工業潔凈室與生物潔凈室究竟有哪些區別呢？
一、工業潔凈室
1、工業潔凈室主要的控制對象是灰塵粒子（不分有生命的、無生命的）。
2、工業潔凈室主要應用在電子、航天、航空、機械、化工、化學制藥、能源、納米等工業中。尤其是電子工業中的微電子和光電子工業更是離不開潔凈室和潔凈技術。
二、生物潔凈室
1、生物潔凈室主要控制對象是有生命的、活的微生物粒子，如病菌、病毒等對人類、動物、環境有害的活的粒子。
2、生物潔凈室廣泛地應用在醫療（潔凈手術室、潔凈病房）、生物制藥、實驗動物飼養、生物安全實驗室、食品、化妝品以及衛生防疫檢疫的事業中。生物潔凈室的發展速度非常快，而且得到了國家和地方政府的認同和重視。
三、工業潔凈室與生物潔凈室的區別
1、研究對象的區別
A、工業潔凈室：灰塵、粒子只有一次污染。
B、生物潔凈室：微生物、病菌等活的粒子不斷生長繁殖，會誘發二次污染（代謝物、糞便）。
2、凈化措施的區別
A、工業潔凈室：主要是采取過濾方法。粗、中、高三級過濾，粗、中、高、超高四級過濾和化學過濾器等。
B、生物潔凈室：主要是采取：鏟除微生物生長的條件，控制微生物的孳生、繁殖和切斷微生物的傳播途徑。過濾和滅菌等。
3、控制目標的區別
A、工業潔凈室：控制有害粒徑粒子濃度。
B、生物潔凈室：控制微生物的產生、繁殖和傳播，同時控制其代謝物。
4、對生產工藝的危害
A、工業潔凈室：關鍵部位只要一顆灰塵就能造成產品的極大危害。
B、生物潔凈室：有害的微生物達到一定的濃度以后才能夠成危害。
5、對潔凈室建筑材料的要求
A、工業潔凈室：所有材料（墻、頂、地等）不產塵、不積塵、耐磨擦
B、生物潔凈室：所有材料應耐水、耐腐且不能提供微生物孳生繁殖條件。
6、對人和物進入的控制
A、工業潔凈室：人進入要換鞋、更衣、吹淋。物進入要清洗、擦拭。人和物要分流，潔污要分流。
B、生物潔凈室：人進入要換鞋、更衣、淋浴、滅菌；物進入要擦拭、清洗、滅菌；空氣送入要過濾、滅菌，人物分流，潔污分流。
7、檢測
A、材料的要求工業潔凈室：灰塵粒子可用粒子計數器檢測瞬時粒子濃度并顯示和打印。
B、生物潔凈室：微生物檢測不能測瞬時值，須經48小時培養才能讀出菌落數量。
從上面可以看出，工業潔凈室主要的控制對象是微小的非生命體粒子，是沒有生命的東西，而生物潔凈室主要控制微生物和病毒等活體粒子。有這種區別也是因為它們生產的產品的特征不同，工業潔凈室主要用在電子設備的生產中，生物潔凈室主要用在醫藥、食品行業的生產中。在電子行業中，特別是大規模集成電路的生產對灰塵是非常敏感的，一粒灰塵就有可能導致產品出現問題，所以要控制灰塵的量。而在生物潔凈室中，微生物和病毒是藥品生產和食品生產的頭號問題，所以控制微生物和病毒是生物潔凈室的關鍵。