制藥廠(chǎng)的工藝流程設計是一項非常復雜而細致的工作，除極少數非常簡(jiǎn)單又比較成熟的工藝流程外，都要經(jīng)過(guò)由淺入深、由定性到定量、反復推敲和不斷完善的過(guò)程。一般地，工藝流程設計可按以下基本程序進(jìn)行。
一、工藝路線(xiàn)的選擇
當一種產(chǎn)品存在若干種不同的工藝路線(xiàn)時(shí)，應從工業(yè)化實(shí)施的可行性、可靠性和先進(jìn)性的角度，對各工藝路線(xiàn)進(jìn)行全面細致的分析和研究，并確定一條最優(yōu)的工藝路線(xiàn)，作為工藝流程設計的依據。
在選擇工藝路線(xiàn)時(shí)，應特別注意工藝路線(xiàn)中所涉及的關(guān)鍵設備和特殊工藝條件或參數。一些工藝路線(xiàn)常常因為解決不了工業(yè)化時(shí)的關(guān)鍵設備或難以滿(mǎn)足所需的操作條件或參數，而不能實(shí)現工業(yè)化。
二、確定工藝流程的組成和順序
根據選定的工藝路線(xiàn)，確定工藝流程的組成，包括全部單元反應和單元操作，并明確各單元反應和單元操作的主要設備、操作條件和基本操作參數（如溫度、壓力、濃度等）。在此基礎上，確定各設備之間的連接順序以及載能介質(zhì)的技術(shù)規格和流向。
三、繪制工藝流程框圖
當工藝路線(xiàn)及工藝流程的組成和順序確定之后，可用方框、圓框、文字和箭頭等形式定性表示出由原料變成產(chǎn)品的路線(xiàn)和順序，繪制出工藝流程框圖。
四、繪制工藝流程示意圖
在工藝流程框圖的基礎上，分析各過(guò)程的主要工藝設備，在此基礎上，以圖例、箭頭和必要的文字說(shuō)明定性表示出由原料變成產(chǎn)品的路線(xiàn)和順序，繪制出工藝流程示意圖。
五、繪制物料流程圖
當工藝流程示意圖確定之后，即可進(jìn)行物料衡算和能量衡算。在此基礎上，可繪制出物料流程圖。此時(shí)，設計已由定性轉入定量。
六、繪制初步設計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
當物料流程圖確定之后，即可進(jìn)行設備、管道的工藝計算以及儀表自控設計。在此基礎上，可繪制出初步設計階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖，并列出設備一覽表。
七、繪制施工階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖
初步設計階段的工藝流程設計經(jīng)審查批準后，按照初步設計的審查意見(jiàn)，對工藝流程圖中所選用的設備、管道、閥門(mén)、儀表等作必要的修改、完善和進(jìn)一步的說(shuō)明。在此基礎上，可繪制出施工階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。
當然，上述設計程序不是一成不變的。根據工程項目的難易程度和設計人員的技術(shù)水平，工藝流程的設計程序會(huì )有所不同。例如，對一些難度不大、技術(shù)又非常成熟的小型工程項目，經(jīng)驗豐富的設計人員甚至可以直接設計出施工階段帶控制點(diǎn)的工藝流程圖。