送入藥廠(chǎng)潔凈室（區）的空氣要與藥廠(chǎng)潔凈室（區）的潔凈等級、溫度和濕度相適應，因此，空氣不僅要經(jīng)過(guò)一系列的凈化處理，而且要經(jīng)過(guò)加熱、冷卻或加濕、去濕處理。下圖是典型的凈化空調系統流程示意圖。
上圖所示的流程采用了一級初效、二級中效和三級高效過(guò)濾器，可用于任何潔凈等級的潔凈室。凈化空調系統的初效和中效過(guò)濾器一般集中布置在空調機房，而三級高效過(guò)濾器常布置在凈化空調系統的末端，如潔凈室的頂棚上，以防送入潔凈室的潔凈空氣再次受到污染。若潔凈室的潔凈等級低于D級，則凈化空調系統中可不設高效過(guò)濾器。若潔凈室內存在易燃易爆氣體或粉塵，則凈化空調系統不能采用回風(fēng)，以防易燃易爆物質(zhì)的積聚。
許多藥物生產(chǎn)所用的潔凈室均要設置獨立的空調凈化系統，如避孕藥物、β-內酰胺類(lèi)藥物（青霉素類(lèi)藥物）、激素類(lèi)藥物和放射性藥物等。
青霉素類(lèi)等高致敏性藥物所用空調凈化系統的排風(fēng)口應遠離其他空氣凈化系統的進(jìn)風(fēng)口，并安裝高效過(guò)濾器，使排出氣體中無(wú)殘留的青霉素類(lèi)藥物，以免對環(huán)境造成污染。
激素等對人體有嚴重危害的藥物，凈化空調系統的循環(huán)送風(fēng)應經(jīng)過(guò)初效、中效和高效三級過(guò)濾器，其目的并非為了控制室內粉塵的粒度，而是為了濾除循環(huán)空氣中的有害藥物粉塵，以減少對工作人員健康的危害。
放射性藥物生產(chǎn)區排出的空氣不能循環(huán)使用，排氣應符合國家關(guān)于輻射防護的有關(guān)要求和規定，其中不應含有放射性微粒，以免對環(huán)境造成污染。
干燥、稱(chēng)重和包裝工序的成品，均處于敞口狀態(tài)，送風(fēng)口和回風(fēng)口的位置很重要，一般以頂部或側面送風(fēng)，下側回風(fēng)方式為好，以免粉塵飛揚。粉碎、過(guò)篩工序會(huì )產(chǎn)生大量粉塵，致使車(chē)間內部無(wú)法控制粉塵粒度，此時(shí)僅需控制溫度和濕度，給工作人員一個(gè)舒適的環(huán)境。