對于藥廠(chǎng)設計來(lái)說(shuō)，實(shí)驗動(dòng)物房的空調凈化系統要解決的兩個(gè)主要問(wèn)題是:
防止交叉感染和臭氣的擴散。為維持潔凈室室內空氣的新鮮和清潔，需要向實(shí)驗動(dòng)物房送入大量的空氣。維持室內潔凈度主要是對室內空氣中的微生物進(jìn)行控制維持；室內空氣的新鮮主要是去除臭味。實(shí)驗動(dòng)物設施的污染源，除微生物外，還有氨、硫化物等發(fā)臭物質(zhì)。惡臭的來(lái)源除動(dòng)物排泄物本身外，還有因微生物作用引起二次變化的揮發(fā)物。一般說(shuō)，動(dòng)物的潔凈等級越低，動(dòng)物房的臭氣濃度越大。動(dòng)物的臭氣對同類(lèi)動(dòng)物影響不大，但會(huì )使其他動(dòng)物感覺(jué)不適，而且，對正常的實(shí)驗和飼養工作有一定影響。因此，動(dòng)物房應盡可能保持空氣新鮮，一般要求氨濃度在14mg/m3以下。
我國《實(shí)驗動(dòng)物環(huán)境及設施》中要求:在藥廠(chǎng)設計中，當實(shí)驗動(dòng)物設施采用亞屏障系統、屏障系統和隔離系統時(shí)，室內換氣次數為10～20次/h。美國實(shí)驗動(dòng)物房主要的參考標準ILAR指南和 ASHRAE手冊推薦的動(dòng)物房換氣次數為10～15次/h。這一推薦值主要是基于對室內氣味的控制要求，一般都超過(guò)維持室內熱、濕平衡和空氣質(zhì)量中的其他參數所需的空氣量。實(shí)驗動(dòng)物房室內得熱量的一個(gè)重要因素是動(dòng)物的發(fā)熱量。動(dòng)物的發(fā)熱量與籠具的大?。匆饎?dòng)物運動(dòng)量變化的因素）、活動(dòng)狀況（包括進(jìn)食運動(dòng)睡眠等狀態(tài)）和動(dòng)物大?。ㄍN動(dòng)物因體重不同而引起的差異）有關(guān)所以，實(shí)驗動(dòng)物的發(fā)熱量，如果作為設計參數提出是相當困難的。實(shí)驗動(dòng)物房的換氣量除維持室內熱濕平衡外，還需要滿(mǎn)足維持室內氣壓、氣流分布及空氣質(zhì)量的要求。通常依據室內氣味控制要求確定的換氣次數，一般都能滿(mǎn)足其他空氣參數對換氣量的要求。
實(shí)驗動(dòng)物房的臭氣也是腐蝕空調設備和建筑設施的主要因素。在藥廠(chǎng)設計中為防止發(fā)臭物質(zhì)的蓄積，實(shí)驗動(dòng)物房的空調凈化系統一般采用全新風(fēng)方式。采用全新風(fēng)方式也有利于防止交叉傳感。即使采用回風(fēng)（這種方式在實(shí)驗動(dòng)物房的空調凈化系統中慎用），回風(fēng)必須經(jīng)過(guò)凈化處理，清除其中的微生物和臭氣，而且，新風(fēng)量應占總風(fēng)量的50％以上，以大于總風(fēng)量的2/3為好。
由于實(shí)驗動(dòng)物房的空氣處理系統一般采用全新風(fēng)方式。因此對于藥廠(chǎng)設計來(lái)說(shuō)，原則上空氣處理系統應設置熱回收設備，同時(shí)，安裝脫臭裝置，阻擋臭氣倒流，防止臭氣腐蝕空調系統。但由于實(shí)驗動(dòng)物房排風(fēng)污染較嚴重，熱回收設備的價(jià)格有較貴，并占一定空間，所以，在實(shí)際工程中很少對能量進(jìn)行回收。