在藥廠(chǎng)設計中，藥廠(chǎng)凈化車(chē)間中的空氣潔凈度等級應根據生產(chǎn)工藝的特點(diǎn)和要求來(lái)確定，要選擇合適的氣流組織。不同潔凈度等級、不同氣流組織形式的潔凈空調系統應分開(kāi)設置。主要有下列幾種情況:
1. 運行班次不同或使用時(shí)間不同的工藝房間不宜設為一個(gè)潔凈空調系統，否則不工作的凈化車(chē)間因和在工作的凈化車(chē)間是同一個(gè)潔凈空調系統而不能關(guān)閉，造成浪費，提高運行成本。若空調系統分開(kāi)設置，可將不工作的凈化車(chē)間只運行值班風(fēng)機，這樣可降低運行成本。
2.生產(chǎn)過(guò)程中散發(fā)的物質(zhì)對其他工序、設備會(huì )產(chǎn)生交叉污染，對產(chǎn)品質(zhì)量或操作人員的健康、安全有影響的凈化車(chē)間空調系統應分開(kāi)設置，這種會(huì )造成交叉污染的凈化車(chē)間在電子工廠(chǎng)、制藥廠(chǎng)和各種實(shí)驗室都有。
3.溫濕度基數和精度要求差別大的凈化車(chē)間空調系統應分開(kāi)設置。若不分開(kāi)設置一般情況下都是按基數要求高的、精度要求嚴格的工藝來(lái)確定，這會(huì )造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著(zhù)高了，抬高了初投資和運行費用。
4.藥廠(chǎng)凈化車(chē)間內工藝發(fā)熱量相差懸殊的系統應分開(kāi)設置，因潔凈空調系統的送風(fēng)量是根據潔凈度的級別或冷熱負荷來(lái)確定的，若發(fā)熱量差異大，那么發(fā)熱量小的凈化車(chē)間需要二次加熱才能滿(mǎn)足室內的溫度要求，造成浪費，提高了運行成本。
5.藥廠(chǎng)潔凈空調系統與一般空調系統應分開(kāi)設置，因一般空調系統無(wú)潔凈度要求，空氣不需要經(jīng)過(guò)三級（初、中、高）過(guò)濾，若合為一個(gè)系統，初投資和運行成本都會(huì )提高。
6.對于藥廠(chǎng)設計來(lái)說(shuō)，系統風(fēng)量過(guò)大的潔凈空調系統應分開(kāi)設置。
7.對于藥廠(chǎng)設計來(lái)說(shuō)，新風(fēng)量特別大（因工藝排風(fēng)量大）、室內濕度要求高時(shí)，應獨立設置新風(fēng)系統，如凈化車(chē)間濕度要求高而室內發(fā)濕量又不大應在新風(fēng)處理時(shí)就采取除濕措施。